A vallásosság szempontjából figyelembe kell venni néhány alapvető fogalmat, amelyeknek tisztázása segíthet abban, hogy ne tévedjünk az egyház és vallás közötti különbségtétel szintjén. A vallásosság legalapvetőbb fogalma a spiritualitás. E fogalom az egyén általános tendenciájára vonatkozik, hogy életét ne pusztán az anyagi létezés keretei között értelmezze, hanem létértése szempontjából tekintse fontosnak mindazt, ami nem jelenik meg a természettudományos mérésekben. A spiritualitás általános fogalma nem vonatkozik semmilyen konkrét formára, hanem teljesen általános jellegű. Ebből az általános hozzáállásból sarjad az egyén hite, amely elfogadja Isten jelenlétét az ő életében és a világban. A hit jóval konkrétabb, mint a spiritualitás, hiszen tárgya van, aki felé fordul. A hit a közösségi megélést kívánja, így az egyféleképp hívők gyülekezetbe tömörülnek. A gyülekezetnek első körben nincs szüksége semmilyen keretre, vagy intézményre. Pusztán az egymásért felelősséget vállalók csoportja, akik egymásban a testvért meglátják. A gyülekezet arcélének tisztázása érdekében az adott gyülekezet meghatározhatja azokat a többé, kevésbé merev szabályokat, hogy ki minősül tagnak, és ki nem. Ezt a szabályozott formát nevezzük vallásnak. A különféle gyülekezetek aztán intézményi keretet is magukra öltenek annak érdekében, hogy képviseljék a tagok érdekeit a valláson kívüli világban. Ezeket az intézményesült struktúrákat nevezzük egyházaknak. Megfordítva e felsorolást, elmondhatjuk, hogy a Magyar Unitárius Egyház az a vallási intézmény, amely a keresztény valláson belül, antitrinitárius módon gondolkodó gyülekezeteket tömöríti és képviseli. A fentebbi érvelés logikájából következik, hogy az unitárius egyház legfontosabb egysége a gyülekezeti tag, akiknek közössége teremti a gyülekezetet, ezeknek az egyesülése pedig a Magyar Unitárius Egyházat.

Ez az egyház zsinatpresbiteri elveken áll, ami azt jelenti, hogy nem az egyén, hanem a választott elöljárók döntése alapján kormányozza önmagát. Az egyes gyülekezetek tagjai közgyűlést alkotnak, amely az adott egyházközség legfőbb döntéshozó testülete. A közgyűlés a maga köréből keblitanácsot, vagy presbitériumot választ, akik az egyházközség kormányzó testületévé válnak. A keblitanács elnökei a szintén közgyűlés által választott lelkész és a gondnok.

A területileg közel levő egyházközségek egyházkörbe tömörülnek. A Magyar Unitárius Egyháznak hat ilyen egyházköre van, amelyet az Egyházköri Közgyűlés vezet. Ez a testület választja a lelkész jellegű esperest, valamint a két világi egyházköri felügyelőgondnokot. A hat egyházkör, valamint a Magyarországi Egyházkerület együtt alkotja az egyetemes egyházat. Amelynek legfőbb döntéshozó testületei a három évente ülésező zsinat és az évi rendszerességgel összeülő főtanács. E két testület egyházi képviselő tanácsot, valamint egy püspököt és két főgondnokot választ, akik együtt kormányozzák az egyházat.

Megalakulása óta, a Magyar Unitárius Egyház egységes vallási közösség volt. Ezt az adottságot szakította ketté a trianoni békediktátum. A mesterségesen létrejött országhatár kettészakította az unitárius egyházat: az Erdélyi és a Magyarországi Unitárius Egyházra. Ezt az áldatlan helyzetet javította ki az a 2012-ben, Kolozsváron ülésező zsinat, amely kimondta a két egyházrész egyesülését, és a Magyar Unitárius Egyház egységének a visszaállását.